生物醫學工程學科實力很強的大學主要有東南大學、華中科技大學、上海交通大學、清華大學、北京航空航天大學、浙江大學、四川大學、北京大學、天津大學、復旦大學、華南理工大學等。
目前教育部門并沒有發布權威的生物醫學科學專業大學排名，但是公布了基礎醫學學科大學排名情況，生物醫學科學是基礎醫學類的下屬專業。其中，北京大學、北京協和醫學院被評為A+，復旦大學A，上海交通大學等4所高校被評為A-.
生物醫學工程專業大學排名榜前三如下――
1、東南大學
東南大學，簡稱東大，位于江蘇省省會南京市，是中央直管、教育部直屬的副部級全國重點大學，建筑老八校及原四大工學院之一，國家“211工程”、“985工程”首批重點建設的大學，是“卓越工程師教育培養計劃”、“卓越醫生教育培養計劃”、“2011計劃”、“111計劃”入選高校，“卓越大學聯盟”、“中俄工科大學聯盟”、“中歐工程教育平臺”主要成員。
2、上海交通大學
上海交通大學，簡稱“上海交大”，位于中國直轄市上海，是中華人民共和國教育部直屬并與上海市共建的“綜合性、研究型、國際化”全國重點大學，也是國家“985工程”、“211工程”重點建設院校，入選“珠峰計劃”、“111計劃”、“2011計劃”、“卓越醫生教育培養計劃”、“卓越法律人才教育培養計劃”、“卓越工程師教育培養計劃”、“卓越農林人才教育培養計劃”。
3、華中科技大學
華中科技大學，簡稱華中大。是中華人民共和國教育部直屬的綜合性全國重點大學，中央直管副部級高校，國家“985工程”、“211工程”、“2011計劃”重點建設高校，“卓越工程師教育培養計劃”、“卓越醫生教育培養計劃”、“111計劃”、“”入選高校，是21世紀學術聯盟、中俄工科大學聯盟、中歐工程教育平臺、七校聯合辦學、國家海外高層次人才創新創業基地等成員。
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